La Universidad de Washington invita a los internautas a resolver rompecabezas para contribuir a comprender las proteínas y ayudar a salvar vidas - Sigue los pasos de Seti@Home y Rosetta@home
R. BOSCO / S. CALDANA 08/01/2009
Participar activamente en la lucha contra el cáncer, el sida y otras enfermedades graves, ya es posible sin salir de casa, sin tener conocimientos específicos y sin proporcionar contribuciones económicas. Tan sólo hay que convertir el propio ordenador en un nudo bioinformático doméstico. Dicho así parece complicado, pero en la realidad es un juego, gracias al proyecto Foldit, una iniciativa del Departamento de Bioquímica de la Universidad de Washington, en Seattle.
Foldit estudia cómo se autoensamblan las proteínas, una de las claves de la biofísica molecular moderna. "Actualmente la predicción de la estructura de las proteínas es una de las áreas más significativas de la bioinformática y la química teórica", asegura David Baker, uno de los responsables del concepto y diseño de Foldit.
Su objetivo, predecir la estructura tridimensional de las proteínas (estructura terciaria), a partir de su secuencia de aminoácidos (estructura primaria), resulta de gran importancia en medicina (por ejemplo, en el diseño de fármacos o para comprender enfermedades como el Alzheimer) y biotecnología (por ejemplo, en el diseño de nuevas enzimas).
Para participar en los desafíos de Foldit tan sólo hay que registrarse e instalar en el propio ordenador un programa, que se descarga desde la web del proyecto. A partir de entonces se interviene en las pruebas, que son símiles a puzzles o a una especie de Tetris en 3D y tienen varios niveles de dificultad. La participación puede ser individual o colectiva: los que trabajan solos se denominan soloists y los que lo hacen en grupo, evolvers. "Los participantes juegan con las representaciones informáticas de proteínas reales y, sin necesidad de tener el mínimo conocimiento de biología molecular, su contribución puede ser determinante", afirma Baker. La colaboración de los internautas alrededor del mundo es importante, porque a medida que la longitud de una cadena de proteína aumenta, el número de posibles formas en que se puede ensamblar también se multiplica exponencialmente.
Vídeos de la proteína
El proyecto incluye clasificaciones de los desafíos con sus puntuaciones y perfiles de los participantes. Cada vez que se consigue completar un puzzle, se genera un vídeo que relata cómo la proteína ha evolucionado hasta su estado final. "Estos vídeos serán especialmente útiles para la estrategia de los jugadores que quieren alcanzar la mayor puntuación", asegura Zoran Popovic, otro integrante del equipo, que cuenta con más de 20 investigadores.
Foldit, que suma ya más de 50.000 participantes, ha sido recibido con entusiasmo en la comunidad científica.
El proyecto, que aprovecha el concepto de inteligencia compartida característico de las redes colaborativas online, tiene sus raíces en el programa Folding@home, concebido en 1999, por el profesor Vijay Pande de la Universidad de Stanford, que sigue funcionando a todo ritmo desde entonces. Como en el caso de SETI@home de la Universidad de Berkeley -con cuatro millones de colaboradores- Folding funciona utilizando los tiempos muertos del procesador de los ordenadores de los voluntarios, sólo que en vez de buscar vida extraterrestre, busca remedios para enfermedades, realizando cálculos de proteínas. Cuando termina el cálculo de una determinada proteína, el programa se pone en contacto con el servidor central para enviarle los resultados obtenidos y recibir otro encargo.
Para aumentar la implicación del colaborador remoto, el programa le permite conocer varios datos acerca del proyecto en que está ayudando, como el nombre de la proteína, el número de proteínas que ha calculado su ordenador y el estadio en qué se encuentra el trabajo.
Sin embargo, el precursor más directo de Foldit es Rosetta@home, un proyecto creado en 2005, por el mismo grupo de investigadores, que intenta comprender la estructura de las proteínas, así como la piedra homónima que permitió descifrar los jeroglíficos de los antiguos egipcios. Actualmente Rosetta@home cuenta con 200.000 colaboradores.
FOLDIT: http://fold.it FOLDING@HOME: http://folding.stanford.edu ROSETTA@HOME: http://boinc.bakerlab.org/rosetta
R. BOSCO / S. CALDANA 08/01/2009
Participar activamente en la lucha contra el cáncer, el sida y otras enfermedades graves, ya es posible sin salir de casa, sin tener conocimientos específicos y sin proporcionar contribuciones económicas. Tan sólo hay que convertir el propio ordenador en un nudo bioinformático doméstico. Dicho así parece complicado, pero en la realidad es un juego, gracias al proyecto Foldit, una iniciativa del Departamento de Bioquímica de la Universidad de Washington, en Seattle.
Foldit estudia cómo se autoensamblan las proteínas, una de las claves de la biofísica molecular moderna. "Actualmente la predicción de la estructura de las proteínas es una de las áreas más significativas de la bioinformática y la química teórica", asegura David Baker, uno de los responsables del concepto y diseño de Foldit.
Su objetivo, predecir la estructura tridimensional de las proteínas (estructura terciaria), a partir de su secuencia de aminoácidos (estructura primaria), resulta de gran importancia en medicina (por ejemplo, en el diseño de fármacos o para comprender enfermedades como el Alzheimer) y biotecnología (por ejemplo, en el diseño de nuevas enzimas).
Para participar en los desafíos de Foldit tan sólo hay que registrarse e instalar en el propio ordenador un programa, que se descarga desde la web del proyecto. A partir de entonces se interviene en las pruebas, que son símiles a puzzles o a una especie de Tetris en 3D y tienen varios niveles de dificultad. La participación puede ser individual o colectiva: los que trabajan solos se denominan soloists y los que lo hacen en grupo, evolvers. "Los participantes juegan con las representaciones informáticas de proteínas reales y, sin necesidad de tener el mínimo conocimiento de biología molecular, su contribución puede ser determinante", afirma Baker. La colaboración de los internautas alrededor del mundo es importante, porque a medida que la longitud de una cadena de proteína aumenta, el número de posibles formas en que se puede ensamblar también se multiplica exponencialmente.
Vídeos de la proteína
El proyecto incluye clasificaciones de los desafíos con sus puntuaciones y perfiles de los participantes. Cada vez que se consigue completar un puzzle, se genera un vídeo que relata cómo la proteína ha evolucionado hasta su estado final. "Estos vídeos serán especialmente útiles para la estrategia de los jugadores que quieren alcanzar la mayor puntuación", asegura Zoran Popovic, otro integrante del equipo, que cuenta con más de 20 investigadores.
Foldit, que suma ya más de 50.000 participantes, ha sido recibido con entusiasmo en la comunidad científica.
El proyecto, que aprovecha el concepto de inteligencia compartida característico de las redes colaborativas online, tiene sus raíces en el programa Folding@home, concebido en 1999, por el profesor Vijay Pande de la Universidad de Stanford, que sigue funcionando a todo ritmo desde entonces. Como en el caso de SETI@home de la Universidad de Berkeley -con cuatro millones de colaboradores- Folding funciona utilizando los tiempos muertos del procesador de los ordenadores de los voluntarios, sólo que en vez de buscar vida extraterrestre, busca remedios para enfermedades, realizando cálculos de proteínas. Cuando termina el cálculo de una determinada proteína, el programa se pone en contacto con el servidor central para enviarle los resultados obtenidos y recibir otro encargo.
Para aumentar la implicación del colaborador remoto, el programa le permite conocer varios datos acerca del proyecto en que está ayudando, como el nombre de la proteína, el número de proteínas que ha calculado su ordenador y el estadio en qué se encuentra el trabajo.
Sin embargo, el precursor más directo de Foldit es Rosetta@home, un proyecto creado en 2005, por el mismo grupo de investigadores, que intenta comprender la estructura de las proteínas, así como la piedra homónima que permitió descifrar los jeroglíficos de los antiguos egipcios. Actualmente Rosetta@home cuenta con 200.000 colaboradores.
FOLDIT: http://fold.it FOLDING@HOME: http://folding.stanford.edu ROSETTA@HOME: http://boinc.bakerlab.org/rosetta
Fuente de la fotografía: http://blog.pansapiens.com/wp-content/uploads/2008/05/foldit.png
